Bezüglich der chemischen Kenndaten weist die Mittlere Isar inzwischen bis Moosburg eine gute Wasserqualität auf, wenn auch keine Trinkwasserqualität. Die Mittlere Isar dient als Vorfluter für fünf Abwasseranlagen mit einer Gesamtausbaukapazität von knapp 1,4 Millionen Einwohnerwerten. Nach Starkregenereignissen kann es durch das Anspringen von sogenannten Regenüberläufen kurzzeitig zum Eintrag abwasserbürtiger Keime kommen.
Die Nährstoffbelastung ist im genannten Bereich gering, allerdings gibt es noch deutliche Defizite, was die Fischfauna anbelangt.
Die Isar gilt grundsätzlich nicht als Badegewässer, das Baden wird jedoch im Sommerhalbjahr bis zum Zufluss des Amperkanals in Moosburg streckenweise toleriert: An der Mittleren Isar sind die Ufer zu einem erheblichen Teil geprägt durch größere Waldflächen. Dadurch ist die Belastung mit Mikroorganismen aus diffusen Quellen wie der Landwirtschaft im Vergleich zu den Einleitungen der Kläranlagen relativ gering. Durch die seit 2003 stattfindende Behandlung des Abwassers mit UV-Strahlen in Kläranlagen an der Isar wird ein wichtiger Beitrag geleistet, den Eintrag von Krankheitserregern in die Isar und damit das Infektionsrisiko für Badende zu vermindern - 99 % der gesundheitsbedenklichen Keime im Abwasser werden vor der Einleitung in die Isar abgetötet. Da der Betrieb der UV-Anlagen mit einem erheblichen Energieaufwand verbunden ist, findet die Abwasserbehandlung nur während des Sommerhalbjahrs von 15. April bis 30. September statt. Dies trägt wesentlich zu einer stabilen hygienisch erfreulichen Wasserqualität insbesondere zu Schönwetterzeiten bei. Vor allem bei Starkregen kann es aber weiterhin zu Einträgen von Krankheitserregern in die Isar und dadurch zu einem erhöhten Infektionsrisiko für Badende kommen. Die Isar ist ein Wildfluss, in dem keine konstante Wasserqualität garantiert werden kann.
Am Oberföhringer Wehr wird durch die E.ON Kraftwerke GmbH Wasser der Isar in den Mittleren Isarkanal zur Energiegewinnung ausgeleitet. In der Isar verbleibt ein Restwasserabfluss von durchschnittlich 15 Kubikmetern pro Sekunde, der saisonal gestafflet zwischen 11 und 21 Kubikmetern pro Sekunde abgegeben wird.
Gemäß der Bade- und Bootsverordnung der Stadt München ist das Boot fahren knapp oberhalb des Oberföhringer Wehrs bis zur nördlichen Stadtgrenze an der Leinthaler Brücke nicht erlaubt. Nördlich hiervon ist das "Befahren mit kleinen Fahrzeugen ohne eigene Triebkraft" im Rahmen des Gemeingebrauchs gemäß §25 WHG und Art. 18 BayWG grundsätzlich erlaubt, erfolgt aber auf eigenes Risiko!
Zwischen Freising und Moosburg ist die Isar weitgehend unverbaut und landschaftlich sehr reizvoll, so dass man hier recht gut mit Booten fahren kann.
Bitte bachten Sie jedoch: Die Isar ist ein Wildfluss und auf weiten Abschnitten kein Fluss für harmlosen Bootsfahrspaß! Immer wieder kommt es zu Unfällen, meistens durch Baumhindernisee und Totholzansammlungen. Besonders nach hochwassern ist damit zu rechnen, dass neue tückische Gefahrenstellen entstehen. Dazu kommt, dass es viel Sohlrampen und noch einige Wehre gibt, die nicht befahrbar sind.
An der Isar steht der Schutz des Waldes und der Natur mit den seltenen Tier- und Pflanzenarten im Vordergrund. Deshalb wurden diese Landschaften in Schutzgebiete eingebunden. Die Stadt München sowie die zuständigen Landratsämter haben die Erlaubnis zum Grillen auf einige festgelegte Plätze beschränkt.
Typische Fische der Mittleren Isar sind die Nasen, Äschen, Barben und der Huchen, der bis zu 1,40 m Körperlänge heranwachsen kann. Daneben sind z.B. auch Aitel, Hasel, Bachforellen und kleinere Arten wie Mühlkoppen und Elritzen nachzuweisen. Von den ursprünglich für die Mittlere Isar beschriebenen knapp 50 Fischarten sind derzeit noch 33 Arten zu finden. Deren Bestände sind jedoch in den letzten Jahrzehnten dramatisch zurückgegangen. 16 der noch verbliebenen Arten gelten als vom Aussterben bedroht.
Ja. Die eingeschränkte Durchgängigkeit der Isar und ihrer nebengewässer hat v.a. bei Wanderfischarten zu einem Rückgang der Zahlen geführt. Daneben sind auch mangelnde Biotopqualitäten und die über weite Strecken herrschende Strukturarmut als ursächlich zu nennen. Im Rahmen der Umsetzung des Gewässerentwicklungskonzeptes für die Mittlere Isar wird versucht, die Gewässerstruktur und damit die Lebensbedingungen für Fische und andere Gewässerbewohner zu verbessern.
Die Isar verlief bis zum Ende des 19. Jahrhunderts in vielen verästelten Abflussrinnen und bahnte sich bei jedem Hochwasser neue Flussläufe. Beim Ausbau der Isar Anfang des 20 Jahrhunderts wurden die Ufer so befestigt, dass keine Seitenerosion mehr stattfinden konnte. Zudem wurde mit dem Bau von Ausleitungswehren unmd letztendlich des Sylvensteinspeichers im Jahr 1959 der Geschiebetransport der Isar beeinflusst. Die Folge war, dass sich die Isar durch das fehlende Geschiebe in die Tiefe grub. Heute plant man gegen die weitere Eintiefung den Einbau von Sohlgleiten, also Querbauwerke, die die Erosion der Sohle verhindern, gleichzeitig aber für Fische passierbar sind. Zudem sollen in Bereichen, an denen es die Platzverhältnisse zulassen, die ca. 100 Jahre alten Uferbefestigungen wieder entfernt werden, damit sich die Isar auch wieder in die Breite ausdehnen kann.
Um die weitere Eintiefung der Isar zu verhindern, werden dort, wo es möglich ist, vorhandene Uferbefestigungen entfernt. Dadurch kann sich die Isar wieder eigendynamisch in die Breite entwickeln und Geschiebe mobilisieren. Im Laufe der Zeit wird dies dazu führen, dass ufernahe Wege zerstört werden oder nicht mehr gefahrlos nutzbar sind. In solchen Fällen werden die Wege vorsorglich etwas weiter von der Isar verlegt. Jogger, Spaziergänger und Radfahrer müssen deshalb manchmal Umwege in Kauf nehmen. Wir bitten dennoch um Verständnis: Würde nichts gegen die weitere Eintiefung der Isar unternommen, würden die bei Erholungssuchenden beliebten Kiesinseln in absehbarer Zeit nicht mehr existieren und der Zugang zur Isar nicht mehr ohne Weiteres möglich sein.
Die Mittlere Isar ist ein äußerst wertvoller Lebensraum für die Pflanzen- und Tierwelt, der entsprechend geschützt werden muss:
FFH-Gebiet "Isarauen von Unterföhring bis Landshut": Fauna-Flora-Habitat-Gebiet (NATURA 2000) - Strenger Schutz auf europäischer Ebene gemäß FFH-Richtlinie. Schutz aufgrund der besonderen Bedeutung als einer der bedeutsamen Verbundachsen zwischen Alpen und Donau mit großflächigen Auelebensräumen.
Naturschutzgebiete "Isarauen zwischen Hangenham und Moosburg", "Vogelfreistätte Mittlere Isarstauseen": Strenger Schutz auf bayerischer Ebene. Schwerpunkt des Schutzes liegt auf der Erhaltung, Entwicklung oder Wiederherstellung der Lebensräume bestimmter Tier- und Pflanzenarten.
Landschaftschutzgebiet "Schutz von Landschaftsteilen entlang der Isar in den Landkreisen Bad Tölz- Wolfratshausen, München, Freising und Erding": Schutz auf bayerischer ebene. Ebenfalls Schutz von Lebensräumen bestimmter Tier- und Pflanzenarten, Schwerpunkt liegt allerdings eher auf dem Erhalt von Landschaftsbild und Erholungseignung.